振込みに関しては、みずほコーポレート銀行宛の振込手数料は窓口、ATMのほか、ネットバンキングサービスのみずほダイレクト等も含めて、みずほ銀行すべてのチャネルからの振り込みで自行扱いとなる。当然、みずほマイレージクラブの特典でみずほダイレクトからの振り込みやATM（イーネット、ローソンATM含む）からのカード振込をおこなった場合は、振込手数料が自行宛扱いで優遇（無料）される。
ただし、みずほ信託銀行宛の振込手数料は、他行扱いである。この場合でも、みずほマイレージクラブの特典で振込手数料は他行宛扱いで優遇（105円割引）される。
みずほ信託銀行・千葉興業銀行・大垣共立銀行の各行ATMでは引き出し提携手数料がかからない（時間内無料、時間外105円。みずほマイレージクラブ優遇対象外）。なお、郵便局と城南信用金庫のATMでは、キャッシュカードでの預け入れ（紙幣のみ。要手数料）もできる。このほか他行手数料無料で取り扱う東京スター銀行・ゼロバンクのATMもある。
みずほ銀行側からの発表はなかったが、2006年3月26日より、新銀行東京との相互出金提携を行っている（要手数料）。
JR東日本が駅構内などに設置するATM「ビューアルッテ」も利用する事ができる（要手数料）。